张雨生在车祸发生后一直陷入昏迷，昏迷指数一直低荡在三分～四分之间，院方一直以药物仪器维持张雨生的生命迹象，并以抗生素控制感染，病情时好时坏，虽然曾一度好转，但最后仍然不幸撒手人寰。
11月12日晚上11时48分，经过24天与死神的缠斗后，张雨生因并发吸入性肺炎急救无效而病逝于淡水马偕纪念医院，终年31岁。
11月16日下午14时30分，张雨生的家属以及唱片公司，举办张雨生追思会，于台湾国立证治大学文艺中心大礼堂内，举行追思礼拜，供各界追悼这位年轻的创作歌手。不设置灵堂，但在台湾淡水马偕医院内有简单的布置。举行追思礼拜之后，张雨生遗体被送往位于台湾台中大肚山公墓地的，梨山“雨生园”内安葬。
多年来，不少歌手还是很怀念他，包括张惠妹、陶晶莹还有当年是小歌迷的范玮琪。而除了歌手的怀念外，张雨生的歌迷们也常惦记着他，如张雨生歌迷会“雨生朋友会”的成员，就常常到张雨生的长眠处“雨生园”探望，每年张雨生的生日、忌日，歌迷更主动聚集在“雨生园”追思。丰华唱片也说，该公司人员到“雨生园”时，总会看到歌迷为他带来的鲜花、水果以及他爱喝的可乐。
2011年7月，“雨生园”的造型音乐墙，遭人以红漆喷上“小人、过份”等字眼，不少歌迷气愤表示希望墓园要抓出凶手，张妈得悉后表示：“我们原住民非常单纯，不会跟人结怨的，所有事就交由管理员处理。”警方当日接到报警后已前往墓园调查，在现场寻获二罐喷漆，辖区丰原分局侦查队长廖水池表示，可能是有心人恶作剧，将主动介入调查厘清真相。
2013年3月，张雨生长眠的台中大度山花园公墓，因积欠地价税616万7575元新台币（约合人民币128万）未缴，遭到法务部发函通知27日将进行查封，但经过媒体报导后，引起往生者家属关切，张雨生的粉丝及母亲也相当忧心，因此法务部出面表示，公墓的税务清偿已指日可待，查封行动将喊卡，也不会轻易打扰张雨生。
