进入90年代，龚慈恩依然拍摄了不少的古装剧，比起20几岁的青涩模样，更加的成熟有韵味。1990年，龚慈恩赴中国长春拍摄金庸武侠剧《雪山飞狐》。原著里的程灵素面黄肌瘦，头发发黄稀疏，双肩如削，完全一副吃不饱穿不暖的村姑形象，但龚慈恩版程灵素一袭白衣，美得宛如神仙姐姐，成为经典。该剧还开创了武侠片实地拍摄的先河，片中大量的景色都是在吉林省长白山拍摄。
1996年，她又在张卫健版《西游记》饰演观音。诺一口中心心念念的观音姐姐应该就是她喽，典雅大气上档次。
而在《雪花神剑》剧中，因为爱情的辜负，曾经低眉敛声惴惴不安的女孩儿龚慈恩，一转眼便是独立苍山背对白雪的刚烈女子。像李莫愁，也像练霓裳。
台湾电视剧《包青天》里，她担任过几部单元剧的女主，在几个性格截然不同的人物中实力切换，和何家劲版的展昭谈过恋爱。
