1998年，与陈嘉上联合执导了警匪片《野兽刑警》，影片上映后引发关注并获得第18届香港金像奖最佳影片，林超贤与陈嘉上共同获得最佳导演奖。
2000年，执导了反类型黑色幽默电影《江湖告急》，影片上映后受到好评，获得第20届香港电影金像奖最佳影片、最佳男主角等四项提名。
2001年，先后执导了动作片《走投有路》和《重装警-察》，前者反响平淡，后者动作场面比较火爆，且内容触及惨烈的同胞情意，较受好评。
林超贤不用大陆演员，林超贤拒用问题演员。《激战》和《魔警》之后，香港导演林超贤即将推出海上灾难大片《紧急救援》，展现中国的英雄主义。
