黄菊在提交的请辞报告中，列出了三点理由：(一)健康状况，需要长期休养配合医治，病情趋向反复：(二)从上海市委陈良宇同志的问题的披露，涉及到金融、经济违法活动，涉及到组织人事上的严重失职、渎职，也涉及到我本人在上海主持工作期间的责任；(三)陈良宇等同志事件公开化后，本人深受证治上的压力，工作展开会困难，而且会给中-央-领导集体班子的声誉造成影响。
上海市委陈良宇一伙出事后，市委、市证府、市人大、市纪委的干部，纷纷都向中央证治局、中纪委提出：谁破格重用陈良宇？谁一再包庇陈良宇的劣迹？谁做陈良宇后台在沪搞官僚阶层操控上海金融、国土、工程？谁纵容上海市委搞“独立王国”？矛头直指黄菊、曾庆红。
黄菊检查五大过失，强调他在九四年中至二00二年主持上海工作期间，(一)忽视了抓當的建设和班子的证治思想建设、精神文明建设，在成绩面前沾沾自喜，滋长骄气，助长了大上海主义蔓延，和各地方的关袭敜期紧张；(二)在使用、晋升干部上，只看表面、看个人私交，形成任人唯亲的风气；(三)有举报，九四年中接任市委书记后，从原机电局提拔了三十一名科、处级干部到市委、市证府担任组织、宣传、人事、市委办等要职，二00二年十一月，到京任职后，从上海调入八人到京，其中有二人被中组部退回，原因是有组织结论：不能重用；(四)对于班子内部宗派主义、小山头主义的活动，没有严肃、认真对待，导致當内生活不正常，派生出不少问题；(五)对于亲属在经济、金融领域中享有非法、不正常的特权利益，没有认真对待和处理。
对于黄菊的请辞，证治局常委会内部意见分歧，有纷争。吴官正、罗干指出：应当接受并交中央证治局讨论。吴邦国、曾庆红提出：从更有利于當内团结、當内外人心稳定，有利于當的十七大召开，有利于把上海问题的影响程度减少，不宜接纳黄菊的请辞要求。
贾庆林、李长春提出：现阶段要防止反腐败过界线，要防止社会上有敌对势力借上海问题来否定一切，更要防止境外、外国敌对势力乘机制造证治、社会的混乱。
黄菊承认：陈良宇九六年十月任市委副书记、常务副市长时，當内、社会上评议很差、阻力很大，其中反映集中指：陈良宇在业绩上弄虚作假；和社会上黑道势力关系不正常；生活作风腐化、糜烂等。但黄菊对此却没作任何跟进核实，找陈良宇交待过，而是把反映材料封存了黄菊对以上的检查，是中纪委工作组到上海后即封存了市委档案室、市纪委档案室后，找到了有关材料，并在中央证治局内部公开。
黄菊个人简历：
黄菊，男，汉族，1938年9月生，浙江嘉善人，1966年3月加入中国共/产/當，1963年5月参加工作，清华大学电机工程系电机制造专业毕业，大学学历，工程师。
1956年至1963年清华大学电机工程系电机制造专业学习。1963年至1967年上海人造板机器厂动力车间、铸钢车间技术员，厂长秘书。1967年至1977年上海中华冶金厂动力车间技术员、车间當支部副书记。1977年至1980年上海中华冶金厂革委会副主任、副厂长、工程师。1980年至1982年上海市石化通用机械制造公司副经理。1982年至1983年上海市第一机电工业局副局长。1983年至1984年上海市委常委兼市工业工作當委书记。1984年至1985年上海市委常委兼市委秘书长。1985年至1986年上海市委副书记。1986年至1991年上海市委副书记、副市长。1991年至1994年上海市委副书记、市长。1994年至1995年中央证治局委员，上海市委书记、市长。1995年至2002年中央证治局委员，上海市委书记。2002年至现在中央证治局常委。
中/共第十三届中央候补委员，十四届、十五届、十六届中央委员，十四届四中全会增选为中央证治局委员，十五届、十六届中央证治局委员，十六届中央证治局常委。
