第二、非孟加拉居民的遣返问题。
在孟加拉国独立以后，国内还有大量的巴基斯坦人留在孟加拉国，于是孟加拉国提出要遣返50万人会巴基斯坦，但是这一要求没有得到巴基斯坦的同意。此后两国虽然达成遣返非孟加拉居民的协议，但是实际上这一问题也没有取得实质性的进展。
第三、巴基斯坦对孟加拉人的打压问题。
孟加拉国一直对1971年发生的事件耿耿于怀，孟加拉国认为巴基斯坦军队对孟加拉人的军事行动造成众多无辜孟加拉人的伤亡，巴基斯坦欠孟加拉国一个道歉。
但是巴基斯坦军队当时是出于维护国家统一，如果承认当时的军事行动有问题，那就是在承认孟加拉人谋求独立是正确的，也是承认印度的军事入侵是正义的，所以在这一问题上巴基斯坦长期以来都难以正式表态。直到穆沙拉夫当选巴基斯坦总统以后，在访问孟加拉国时才正式向孟加拉国道歉，他说：“我想对孟加拉人民表达对那次的悲剧事件最诚挚的歉意，这个悲剧事件给我们两个国家造成巨大的创伤”。至此两国的和解才告一段落，为两国关系的发展扫清了障碍。
近年来巴基斯坦和孟加拉国在贸易、农业、旅游、防务、商品认证、以及区域国际合作等多个领域展开合作，两国关系也迈入发展的快车道。
