但是，这本就正常的航线补充需要，台当局和一些台湾有心人士却坐不住了，又是叫嚣又是跳脚。
蔡英文7日晚召开紧急“国安”高层会议，向大陆喊话，呼吁两岸就M503航线所引发的一律尽快展开协商。
《自由时报》报道称，此航线离海峡中线仅有4.2海里（约7.8公里），台“民航局”因此担忧，开启后恐危及台湾往返金门、马祖的飞航安全，“台湾空防更可能受到冲击”。
台陆委也对此提出“严正抗议”，称“大陆以民航包装，背后是对台湾的证治施压与军事威慑等不当企图，台湾绝不接受。中国大陆若一意孤行将必须承担任何影响两岸关系的后果。”
不仅如此，在台湾的证论节目上，一些“证客”也给出自己的观点，呼吁台湾所谓的“民航局”要拿出行动来惩罚大陆航空。先是叫国际上的航空不要飞此条航线，中国大陆的航空公司继续飞的话就罚钱，再不听劝阻继续挑战底线的话就要收回航权哦。真是好怕怕呢。
对于台湾各界的众说纷纭，笔者就试着解答一下吧。
第一，蔡当局要明白，要和大陆进行协商的前提是要承认“九二共识”
由于蔡英文上任后拒不承认“九二共识”，还一味在各个领域推行“台*独”措施，使两岸关系陷入紧张的局势，两岸在官方交流方面也陷入的停滞不前的状态，所以大陆在履行必要的告知程序之后就直接开通了M503航线的运行。蔡当局在呼吁大陆进行协商之前，要先思考自己是否应做一下改变，承认“九二共识”！
第二，对于台湾方面担心危及台湾往返金门、马祖的飞航安全，在开通该航线时已经明确说明，该航线在设计时已经避开了金门、妈祖往返台湾的航班，并且大陆空管部门会与台湾方面保持技术性的沟通。所以这个忧虑是不存在的。
