《通告》要求，除了对柑肉废弃物实施无害化处理，各新会柑种植园、相关加工企业（个体工商户）和广大市民也可以选择将柑肉提供给有资质的企业进行深加工和综合利用，以减少柑肉废弃物对环境卫生的影响。
但实际上，柑肉综合利用一直是业界的难题。这两年，有数家企耶敘试利用生物技术将新会柑肉制作成酵素，并推向市场。不过制作酵必须要用新鲜柑肉，还要企业自备运输工具，保证运输过程不受污染，柑肉才符合制作要求。
此前，不少柑场会把柑肉堆在门口，自然有人来取，载走后碎肉取核。《通告》中，第三条特别写明，“碎肉取核后，将碎肉果汁、柑肉及残渣液等废弃物乱抛、乱弃、露天堆放或排入河涌水体污染环境的行为，将被严格追究法律责任。”这样一来，用于制作酵素所消耗的柑肉有限，免费清运的途径也已被堵死。
“现在的小青柑问题不大，丢几天不算很臭，大红柑8个小时就开始变臭，隔天就臭过死尸。”部分种植户和厂商对柑肉清运表示担忧，“我们这里，高峰期一日剥5000斤柑，有4000斤柑肉，一斗装2000斤，一天就要1600元的运费。”
