达延汗当时所在的地方就是现在的内蒙古境内，作为正统的成吉思汗后人，大蒙古可汗，他锐意改革，将诸位儿子进行了分封。其中格哷森札札赉尔获得封地之后挥师北方，获得了今天外蒙古的大部分，形成了喀尔喀部。格哷森札札赉尔又分封各个儿子，形成了钞敿汗、土谢图汗、札萨克图汗三个部分。他们依然视达延汗直系后裔为领主。
大家都知道，明朝末年努尔哈赤带领的女真在白山黑水中崛起了，从此明朝退出了东北和辽东，但是在宁远城，努尔哈赤死于袁崇焕军队的炮伤，皇太极继位后继续攻打宁远城，再败。此时的皇太极决定转变战略思维，绕过宁远城去攻打明朝。但是如此蒙古便是一个阻碍，于是皇太极决定先征服蒙古。通过数年的金钱、外交对蒙古贵族的拉拢，林丹汗（林丹也当大汗了。。。）众叛亲离，于是便逃亡漠北喀尔喀部。但喀尔喀部惮于金兵，并不敢收留，林丹汗遂逃至甘肃。蒙古各部便拥立皇太极为蒙古可汗，不久之后皇太极建立清朝，在法理上自称为承继大元而立。在此之后，喀尔喀部和林丹汗之子额哲也投降清廷，蒙古各部也就成为了清朝的附庸，受封为扎萨克（世袭领主），额哲受封为察哈尔亲王。之后额哲的侄子阿布奈在康熙初年起兵反叛，失败之后，察哈尔部被改编为八旗察哈尔，成为一支清帝直属的内属蒙古。
于是内外蒙古的分别在明末清初便开始形成。靠近汗部，在呼和浩特周围的各部，也就是当初拥立皇太极兼任蒙古可汗的各部被称作“内扎萨克”，也是清朝认为地位最高的蒙古人，而且他们最为忠诚可信，地理位置也接近中原，容易控制。内扎萨克蒙古各部历来都有和清朝皇室通婚的传统（但只有清世祖的母亲是蒙古人）。内扎萨克蒙古和八旗察哈尔这些内属蒙古之外的，分布于戈壁沙漠以北，新疆，青海的蒙古被称作外扎萨克蒙古，其中自然包括喀尔喀部。由于他们归顺较迟，距离又远地位也较低，这一点和蒙元时期划分社会等级有相似的原因。而内外扎萨克蒙古便是后来内外蒙古的雏形。大约在清朝末年已经形成了与现在相似的内外蒙古的概念。
有一点需要说明，内外蒙古虽然同为理藩院管理，但是管理方式却有所区别。内蒙古的扎萨克最高的爵位是扎萨克和硕亲王，各部落首领只是旗长；外蒙古的扎萨克最高是可以称“汗”的，其中一位称“诺颜”，爵位是在扎萨克和硕亲王之上的。更重要的一点是，对于信奉藏传佛教的内外蒙古，他们负责教化的活佛也不同。内蒙古的最高活佛是章嘉呼图克图（1957年传承断），外蒙古的最高活佛为哲布尊丹巴呼图克图（2010年回归外蒙古），他们与班禅额尔德尼，达赖喇嘛并称为黄教“四大活佛”。但问题来了，外蒙古将哲布尊丹巴呼图克图视为成吉思汗转世，这就为之后外蒙古的独立埋下了伏笔。
