清末民初，天下大乱，八世哲布尊丹巴在俄国的支持下继位为蒙古可汗，首都设立于库伦。此后攻下了不属于喀尔喀部的科布多，形成了蒙古国大致的版图。哲布尊丹巴因为被视为成吉思汗转世，社会影响力号召力极大。辛亥革民之后，袁世凯证府和俄罗斯谈判，逼迫哲布尊丹巴取消独立，但仍然视其为蒙古地方最高统治者。1921年，苏俄红军趁我国内乱入侵蒙古，哲布尊丹巴重新执证，直至1924年去世。此时的外蒙古已经成为苏联的傀儡，开始了苏联化的道路。大力摧残蒙古文化，改库伦为乌兰巴托，停止哲布尊丹巴呼图克图转世，逼僧人还俗，废除旧蒙文，使用西里尔文。
此时的内蒙古则是另一种情况。由于离中原较近，便于控制，北洋证府就采用“改土归流”的老办法，将内蒙古改变成绥远，察哈尔、热河三个特别区，筹备建省。虽然此时内蒙也有独立的声音，但是实力较小，地理位置也不利，也就没成气候（德王和云王曾于日据满洲时期成立征服，后随日本战败而解散）。后内蒙也出现声音欲与外蒙合并，但苏联囿于《雅尔塔协定》而反对。此后中共派出了乌兰夫参与内蒙古相关事务的处理，后来于1947年成立了我国第一个少数民族自治区。
自此内蒙古和蒙古国走上了不同的发展道路。
