首先，在用“勾兑卤水”制作臭豆腐的过程中，存在很多卫生问题。简单的浸泡无法保证卤水中菌种的类型和数量，极有可能引入大量杂菌繁殖，发生腐败。即便油炸的高温使大部分杂菌阵亡，但杂菌产生的毒素却很难被杀灭，若一次性摄入过多有毒素残留的臭豆腐，极有可能导致肝肾损伤或衰竭。
其次，无论是硫酸亚铁，还是硼砂、硫化钠，都不是食品添加剂，不允许用于制作食品，将其加入臭豆腐卤水中属于违法添加。长期或一次性过量摄入硫酸亚铁会刺激呼吸系统、消化系统黏膜，引起腹痛、恶心、食欲不振、全身无力、头痛，甚至休克或致癌。硼砂具有抑菌、消毒、防腐等作用，在临床中被用于创口消毒和炎症治疗，但《食品安全法》明令禁止将其用于制作食品，短时间内摄入过量硼砂，会引发人与体多系统脏器蓄积性中毒，并已被证明是一种致癌物。
