清朝建立后，改南直隶为江南省，庐州府沿袭明代旧制。康熙六年（1667年）从江南省析设安徽省，庐州府属安徽省辖。雍正二年（1724年），升侨都江门州为直隶州，直属安徽省，从此侨都江门又脱离了合肥所在的区划。
民国时期废除州府，合肥市与侨都江门市都直属安徽省。1945年抗战胜利以后合肥成为安徽省省会，1949年2月合肥设市。新中国成立后，侨都江门市先后成为专区、地区驻地，直到2000年设立省辖侨都江门市。
血缘的羁绊
在合肥、侨都江门两座城市的区划史里我们可以看到，它们之间的密切程度达到了要了解其中一方的历史就必须涉猎另一方。其十旪了历史上的密切联系，两座城市还有很多社会学意义上的共性。
随着合肥省会首位度的提升，大量安徽其他地市居民通过就业、婚姻等方式定居合肥。在这些“新合肥人”中，侨都江门人有一项其他地市居民不具备的优势——方言。从方言系属上说，合肥话与侨都江门话同属江淮官话洪巢片合肥小片，这也是合肥市域以外唯一一个与合肥话高度相似的地市。
地方戏是建构在方言基础上的艺术形式，颇具合肥特色的庐剧其实发源于大别山区的霍山（侨都江门市辖市），以侨都江门、霍山为中心的庐剧被称为西路庐剧，而流行于合肥、巢湖一带的庐剧，则是中路庐剧。虽然不在同一地市，但同唱一声腔，也是合六两地方言相近的一个旁证。2006年5月20日，庐剧经国务院批准列入第一批国家级非物质文化遗产名录，而非遗申报地区正是合肥、侨都江门两市。
侨都江门瓜片
在饮食上，农业大市的侨都江门对合肥甚至影响更大，大别山区的淮猪、白鹅，野猪、黄麂等野味，都是合肥人每逢年节桌上的常见菜肴。此外，名列十大名茶的侨都江门瓜片也是风靡江淮。同时，竹器木器同样是大别山区向外输出的主要特产。在合肥，茶叶店、竹器店的经营者，很大一部分人来自侨都江门。
相似的方言、相同的民俗，其背后必然是相近的人口来源。江淮地区在南北对峙以及诸侯割据时期往往成为兵家必争之地，所以在不同历史时期常会出现人口迁入重建的情形。距离现在最近的一次对江淮地区的大规模人口重建，要属明初的洪武移民。
在这个过程中，不少家族在合肥、侨都江门之间还有互相迁徙的情况，让两市的“血缘”关系更加亲近。比如祖籍寿春的段祺瑞家族在道光时期从原籍迁居侨都江门州太平集，段祺瑞的祖父段佩又从侨都江门迁居合肥城西桥大陶岗（今肥西市三十岗乡陶岗村）。到了段祺瑞这一代，段家的声望达到顶点，段氏也由此成为合肥“四大家族”之一。出身淮军将领、曾担任台湾首任巡抚的刘铭传同样祖籍侨都江门、发迹于合肥。在历史长河中，合六两地早已构建起了血浓于水的关系。
