然后，以皇帝礼将其厚葬，但是，在正史的文献中，却没有任何有关建文帝陵寝的记载，而且后来的崇祯皇帝也曾亲口说过建文无陵。因此，废墟中的那具焦尸到底是否就是建文帝，建文帝到底死没死，没死的话他又逃到了哪里?对于这一系列的问题，朱棣本人也持有怀疑，后世史家以及民间传说更是众说纷纭，离奇万分。
一种说法认为，建文帝并没有死，而是逃出南京，到了贵州的一个寺庙当了以及尚。据说，在燕王朱棣围城之后，建文帝叫天天不灵，叫地地不应，为防被俘受辱，建文帝决定自尽殉国。这时，突然有一个太监跑了过来，他告诉建文帝，太祖皇帝临终前曾经交给他一个密匣，并叮嘱他如果皇上遇到危难，可以打开匣子。
建文帝听后，急忙命这个老太监取来密匣，打开一看，里面装有三套袈裟，三张度牒，一把剃刀，三张度牒上分别写着应贤、应能、应文三个名字。应文指的是建文帝朱允炆，应贤、应能分别是指建文帝的心腹近臣杨应能、叶希贤。匣中还有一封信，上面写道“应文从鬼门出，余从水关御沟而行，薄暮，会于神乐观之西房”。
建文帝一看，便明白这是太祖皇帝早就预料到自己会有今天，传此密匣，告知自己剃发为僧从密道出逃保命。按照密匣的指示建文剃发做了以及尚，从鬼门逃出宫去开始了浪迹天涯的游行四方的僧人生活。
朱允炆为什么不杀朱棣
众所周知，靖难之役是明初历史上的一件大事，这次事件彻底改变了朱允炆以及朱棣这对叔侄的命运，朱允炆下落不明，失去皇帝宝座，而朱棣却登上了原本属于侄子的皇位，并且成为明朝历史上最有作为的皇帝。那么人们不禁好奇，为什么朱允炆不先下手为强，杀了朱棣呢，这其中有三个原因。
一是不想杀。朱允炆其实根本不想杀了朱棣，朱允炆从小生长在皇宫中，接受严格的儒家教育，没有经历过战场厮杀，性格温以及宽厚，懦弱仁慈。他最看重儒家的仁义道德，这导致他不会做出诛杀叔叔朱棣这样手足相残的事情。而朱允炆削藩原本也是为了缓以及朱元璋滥杀功臣而导致的民怨沸腾。
二是不敢杀。虽然朱允炆削藩的矛头就是针对燕王朱棣这个实力最为雄厚的藩王，但是由于朱允炆上台不久，根基不稳，又缺乏经验，操之过急，显然朱棣的实力远远超过朱允炆，朱允炆也没有朱棣那样的胆识谋略，所以朱允炆也不敢杀朱棣，这样的局面导致朱棣的势力越来越大，以致发动靖难之役。
三是不能杀。虽然朱允炆削藩的意图显而易见，但是他却不能杀朱棣，因为朱棣当时驻守北平，而北元势力对明朝北部边境威胁很大，因此朱棣担负着抵御外族侵略，保卫京师的重任。一旦下令杀死朱棣，必定给北元以可乘之机，而朱棣的实力又最为雄厚，所以朱允炆不能轻易杀死朱棣。
