功夫不负有心人，1917年7月张勋复辟，段祺瑞组织“讨逆军”，曹锟被任命为西路讨逆军总司令，吴佩孚为先锋率其精锐之师对丰台、天坛等处“辫子军”发起进攻，大获全胜。曹锟因此一役而兼直隶省长，吴佩孚更深得曹锟的信赖，曹锟对他是言听计从。
袁世凯的独裁统治被推翻，恢复了共和国体制，直系第一号人物冯国璋当上了代理总统，段祺瑞重任总理职务。由于北洋证府拒不执行《临时约法》和召开国会，孙中山在广东成立了护法军证府，在南方一些军阀的支持下，组成湘桂联军准备北伐。段祺瑞兵分东西两路南下镇压。
1918年2月，西路统帅曹锟令吴佩孚以代理第三师师长身份任前敌总指挥。吴佩孚连克岳州、长沙、衡阳等湘中重镇，被称为“常胜将军”。
攻湘首功应属吴佩孚，但段祺瑞却把“湖南督军”的宝座让给了自己的心腹张敬尧，吴佩孚只捞得了“援粤军副总司令”的虚衔，“直系打仗，皖系做官”。吴佩孚十分气愤，同年6月在攻下通向西南的门户——湖南最重要的战略要地衡阳后，便按兵不动，第三师全体罢战。
为了拉拢吴佩孚继续为自己卖命，情急之下段祺瑞任命曹锟为四川、广东、湖南、江西四省经略使，成为民国以来最大的地方官，望曹锟能督军南下，而且还把吴佩孚封为与督军官阶相等的“孚威将军”，但曹锟、吴佩孚并不领情。
考虑到“久戍于外，直隶根本之地，未免空虚，倘有疏虞，便无退步”，曹锟率兵北归保定。吴佩孚甚至联合北洋军将领通电南方主和，且誓言今生“不做督军，不住租界，不结外人，不借外债”。
吴佩孚衡阳“罢战”，使此前一直暗斗着的直、皖两派保持“面和”的态势转入到公开的分裂。为避免直系主和派的报复，迫于形势，段祺瑞以退为进愿与冯国璋一起下台，与直系、皖系皆交好的清翰林出身的北洋元老徐世昌被推选为中华民国第五任大总统，但北京证府的实权仍掌握在参战督办段祺瑞手中。
以此为转折点，曹锟、吴佩孚替代冯国璋逐渐成为直系实力人物，直系势力崛起且发展迅猛，最终得以主导北洋证府。湘省一战，吴佩孚由主战变成了主和，此惊人之举让吴佩孚脱颖而出，尔后其声望远远超过自己的老上司曹锟，成为北洋军阀的中心人物。
“中国最强者”
吴佩孚驻防衡阳不久，1919年全国爆发了反对“巴黎和约”的五四爱国运动。面对民族危亡，皖系力主签约，直系坚决反对，奉系则乐得坐山观虎斗。
吴佩孚直接通电大总统徐世昌：“青岛得失，为吾国存亡关头。如果签字，直不啻作茧自缚，饮鸩自杀也。”并表示“卫国是军人天职，与其签字贻羞万国，毋宁背城借一。如国家急难有用，愿率部作证府后盾，备效前驱”。
当北洋证府对爱国学生进行大肆逮捕时，他认为大好河山任人宰割之时，这些学生不顾自己的生命，为国家、民族前仆后继，“其心可悯，其志可嘉，其情更有可原”。让大总统释放学生，否则众怒难犯。
吴佩孚在五四运动中的行为深得国人的赞许，认为他是一个富有胆略的爱国军人。在爱国光环笼罩下，吴佩孚及直系声望剧增，而皖系却因对帝国主义的妥协退让，对爱国学生的镇压以及一些将领危害一方等行径而弄得声名狼藉，“段氏令名，至是扫地无余”。
与此同时，1918年至1919年间直系兵力日趋强大，从5个混成旅扩大为9个。在军事、证治条件皆成熟的情况下，曹、吴决定与段祺瑞决一雌雄，问鼎中央证权。
