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万历二十七年(1599年)，与其夫千乘到播州(今遵义)参加平定杨应龙叛乱之战，扼贼邓坎。《明史》载道：“明年正月二日，贼乘官军宴，夜袭。良玉夫妇首击败之，追入贼境，连破金筑等七寨。已，偕酉阳诸军直取桑木关，大败贼众，为南川路战功第一。贼平，良玉不言功”。“女将军”称号遂传开。
万历三十一年(1603年)，十一月，川贵总督王象乾疏言：“……八路皆三万为率，七路擒斩多者五六千，少者不下三四千，王[土]司中如冉御龙兵八千，擒斩不止八百，马千乘兵三千，擒斩八百七十五名颗，千乘之妻秦氏报效不支饷，兵五百，擒斩一百一十七名颗，而二家且口夺桑木、大滩等险关，意不言功，何其勇且顺也……”。
万历四十一年(1613年)，八月，马千乘因开矿事得罪太监邱乘云，瘐死云阳狱中。按土司夫死子袭，子幼则妻袭之制，秦良玉袭任石砫宣抚使。
万历四十八年(1620年)，六月，后金兵入侵辽东，朝廷诏令征兵援辽。良玉遣其兄邦屏、弟民屏率五千白杆兵先行，接着自统精卒三千与子祥麟赶赴辽东战场。邦屏、民屏率兵抵辽阳后奉命镇守沈阳西南浑河附近。
天启元年(1621年)，三月，后金兵围困沈阳。邦屏等奉命驰援，兵至浑河，悉沈阳失守，众军同仇敌忾，“白杆兵”一马当先，勇渡浑河。在桥北结营未绪，即遭敌四面袭击，与友军以万余人抵敌数万人，杀敌数千人。恶战中敌主力赶到，明军寡不敌众，邦屏率部英勇拼杀，和士兵千余捐躯沙场，民屏身负重伤突围脱险。史载此次血战为“辽左用兵以来的第一血战”，兵部尚书张鹤鸣奏称：“浑河血战，首功数千，实石砫、酉阳二土司功。”
同年(1621年)，四月，秦良玉亲统精卒三千北上，镇守榆关(今山海关)，在附近与后金兵遭遇，激战中，祥麟目中箭，尤拔矢逐贼，斩获如故，敌惊退，被军中誉为“赵子龙”、“小马超”。朝廷闻报，熹宗御赐“忠义可嘉”匾额，并赐良玉诰命夫人，进二品服，并命良玉回川再征兵二千赴援。
同年(1621年)，九月，永宁宣抚奢崇明叛，适逢良玉回川，奢遣使结盟，良玉斩使留银，转战重庆、成都和泸州等地，收复新都。
天启二年(1622年)，白杆兵解成都之围。回师克二郎关、佛图关，复重庆。命封夫人，赐诰命，复授都督佥事，充总兵官。
天启三年(1623年)，秦良玉打败永宁奢崇明军，平定全川;同年平定“松藩叛乱”。
崇祯三年(1630年)，永平四城失守，畿辅震动，诏天下勤王，各方将领自保不暇，逗留不前，独秦良玉慷慨誓众，率翼明捐资济饷、裹粮率师，昼夜兼程，再次驰援京师。崇祯皇帝优诏褒美，晋封都督同知，挂镇东将军印。召见平台，赐彩帛羊酒，并赋四诗旌其功。
崇祯四年(1631年)，秦良玉在保卫大凌河筑城战斗中，再建“首功”。
