康熙六十年，由于岳钟琪战功卓著，他被康熙提拔为四川提督，成为封疆大吏。不过真正让岳钟琪的军事才能大放光芒，是在雍正皇帝即位后。雍正元年，青海蒙古族和硕部首领罗卜藏丹津图谋叛乱。雍正帝以年羹尧为抚远大将军，岳钟琪为奋武将军参赞军务，让两人统兵前往青海平叛。当时岳钟琪提出“乘春草未生”、“捣其不备”的作战方针，结果岳钟琪以少胜多，以1.5万步兵大破十万叛军。
这次平叛，最终仅耗时两个月，让青海70万平方公里的领土转危为安，岳钟琪因“奇功”被雍正爵三等公，擢升为川陕总督。然而好景不长，青海叛乱刚平定，160多万平方公里领土的新疆又出现叛乱了。随即，雍正帝拜岳钟琪为宁远大将军，前往征讨，结果岳钟琪果然不负重托，很快平定了准噶尔部。
然而一位将领的军功越大，头上的帽子越高，自然也很容易遭到皇帝的猜忌。清朝文字狱盛行，靖州秀才曾静曾向岳钟琪建言劝他反清，可是岳钟琪上奏雍正帝，这就是著名的“吕留良案”。即使岳钟琪第一时间向雍正表达了自己的忠心，但是他还是受到了雍正的猜忌。
雍正十年十月，雍正下诏岳钟琪离疆返京“商办军务”，由副将军张广泗护宁远大将军印。当岳钟琪来到京城之后，他被雍正关进大牢，“交兵部拘禁候议”。在大牢中，岳钟琪差点被折磨致死，直到两年后，雍正帝念及当年进藏、平定青海的战功，最后改为为“斩监侯”，并处罚银七十万两。
乾隆二年，岳钟琪刑满释放，贬为庶人，回成都生活。乾隆十一年（1746），四川大小金川流域苗民发生叛乱，乾隆以岳钟琪为四川提督前往招降，岳钟琪很快平定叛乱。由于再次立功，乾隆恢复太子少保、三等公，“命紫禁城骑马，免西征追偿银七十余万。”
