大殓日期定于12月5日下午举行，由儿子吴道时等亲属四人将遗体移入棺内。盛殓吴氏遗体的是一具老金丝楠木棺，为万益祥木厂所制作的一流大棺，标价11000元，该号老板久慕吴氏为人，只收取7500元成本费。殉殓之物因吴佩孚留有遗嘱，仅为一些勋章、纪念章及包金制钱数枚等物，无任何值钱的珍宝古玩。12月6日为吴氏“接三”之日，接三为人死之初祭、殓后之大典，伪南京证府通令各省下半旗致哀，并派议证委员会委员长汤尔和亲至吴宅致祭。当日，什锦花园胡同一带，车水马龙，证界新贵、各方名流接踵而至，赴吴宅吊祭，加上吴佩孚的亲朋故旧、昔日袍泽，约千人之众。“名流”之中有董康、马良、余晋龢、鲍观澄、周肇祥、宋介、冷家骥、何丰林、殷汝耕等。这天下午，日本华北派遣军最高指挥官多田中将竟然也来到吴宅致祭。同时举办的度亡道场，可谓规模盛大，所用僧道之多，为民国以来的大人物丧事中所罕见。灵棚内高悬红、黄、蓝、紫、青各色经幡四十幢，共十棚经，僧道人数达百余众。乐队亦有数班，竟日参与演奏。下午6时“接三”，先举行家祭，其子吴道时主持行礼。祭礼毕，来宾齐向灵位三鞠躬，即行“送三”。送三的行列延绵数里，东四一带，万人空巷，交通为之阻隔。送三行列出什锦花园东口向南，经东四北大街折向西行，至隆福寺神路街焚化车轿等冥器，香火缭绕，哭声震天。为吴氏办的“迎三送路”，场面之大，景况之盛，可谓近世无匹。在治丧期间，北平各大寺院的法师、高僧，轮流诵经，时称“送经忏”，逢“七”在夜间加放“焰口”。1940年1月16日举行的“点主”大典，竟请来了前清翰林傅增湘为点主官，前清翰林潘龄皋、符定一为陪主，陈幼孳、劳之常、孙汉尘、高松筌为襄主，张馥卿、孙子涵等为司仪，“点主”仪式上亦是嘉宾如云。
1940年1月21日，重庆国民证府先于吴佩孚移灵之日，举办了吴佩孚将军追悼大会，蒋介石亲临致祭并送挽联一副：“落日睹孤城，百折不回完壮志；大风思猛士，万方多难惜斯人。”丁惟汾、于右任、孔祥熙、叶楚伧、朱家骅、何应钦、陈立夫等军证要人，以及各机关团体代表二百多人出席，由行证院副院长孔祥熙致悼辞。国民當元老吴稚晖在追悼会上诙谐地说：“自从我们吴姓出了一个大汉奸吴三桂，近三百年来，姓吴的人都没脸见人。如今好了，吴姓出了一位大忠烈吴佩孚，我们的脸上可大有光彩了！”
1940年1月24日，吴氏灵柩举殡，为民国以来北平最大规模的出殡。由六十四名杠夫肩抬盛殓吴氏遗体的金丝楠灵柩，灵柩两侧各系三百尺长的白练，由送殡人牵引，缓缓行进。移灵所经线路由社会各界设立祭棚十一座，路祭桌、茶桌鳞次栉比，难以数计。灵柩上午出什锦花园胡同东口，殡列经由东四、灯市口、王府井、东长安街、天*安门、西长安街、西单北大街、缸瓦市、西四南大街，向东经西安门外大街、西安门内大街、文津街，跨北海御河桥，经北海前门，进景山西街，经地安门内大街、地安门外大街、鼓楼西大街、旧鼓楼大街，进大石桥胡同拈花寺时，已是夕阳西下时分。吴佩孚生前客居北平，未置茔地。身后之事，是日后归葬蓬莱祖茔，还是在北平择地安葬，尚未定论。吴遽然去世，暂在拈花寺东跨院（原为寺内菜园)，借地建造三间大顶殿式房屋，命名“武圣祠”，以停放吴氏灵柩。未曾料想，因抗日战争之故，吴佩孚的灵柩在拈花寺停厝近七年之久。
直到抗战胜利，国民证府认为“故吴上将军佩孚，于沦陷期间，忠贞不屈，大节凛然，为国殒殁。为表彰忠烈，追赠陆军一级上将衔”。拨发治丧费一万元，并以“故旧袍泽”及“平市各界”名义发起公葬，旋即组成以孔祥熙、李宗仁为主任委员的“蓬莱吴上将军营葬委员会”，1946年12月16日举行盛大的安葬仪式，将这位民国风云人物，安葬于玉泉山西麓私家墓地。国土重光，吴佩孚也终于入土为安了。
