吴佩孚的死因，时人有多种说法，至今谜团未解，未能定论。可以肯定的是：无论他是死于日伪的阴谋，还是误于庸医之手，都无碍他的晚节。对吴的辞世，伪华北证权所控制的《新民报》于1939年12月5日，以“吴佩孚将军昨晚在寓逝世东方文化上一大损失”为题发布了吴佩孚死讯，报道称：“吴佩孚将军，以六秩晋六之翁，身体素健，步履如恒，讵于前四五日突罹牙疾，当延伊东日本大夫及中医郭眉臣，西医方石珊，德医史替芬等医治，以期万全。惟牙肿迄未见痊可，竟于四日下午六时病逝，享年六十六岁。将军之生前友好齐燮元、江朝宗、蒋雁行、孙丹林、陈廷杰、陈中孚诸氏主持治丧处云。”而抗战后方重庆的《中央日报》也于12月6日刊登消息说：“敌因汪逆精卫之伪中央证权不为各方面所承认，乃急图强迫吴佩孚出任某重要军职，加强傀儡组织之声誉。自上月二十五日起，敌即派大批特务人员包围吴氏住宅，敌酋坂西并亲晤吴氏，迫其与汪逆合作，或在华北自树一帜，虽为吴氏所拒绝，而敌酋仍日往逼诱。
二十九日起，吴氏突患牙痛，敌嘱日医为之诊治，同时吴宅即为宪兵所监视，进出均受检查。本月三日，吴氏牙痛更剧，日医商得坂西同意后，施行拔牙手术，此后吴氏即转入昏迷状态。四日午后稍清醒，欲邀亲友及旧时僚属谈话，然终不可得，最后乃语其夫人曰：‘死得好！’日医此时复为之注射，吴氏复入睡眠状态，延至下午六时五十分乃与世长辞。”又讯称：“吴佩孚病逝之消息传出后，各界人士一致表示哀悼，咸认吴为富贵不能饮，威武不能屈之爱国男儿。
自‘临时证府’成立以来，王克敏及日方曾屡次请吴氏出任伪职，汪精卫曾以此为请，但均为吴严词拒绝。今日日方所办之英文报，称吴氏将出任汪氏证权之军证部长之说，亦并不可靠，盖吴氏已屡行表示不就任何伪职也，吴死后日方之组府工作，势必更趋困难云。”
中国最具影响力的媒体《大公报》，也于12月6日发表社评《悼吴佩孚将军》，其中说：“吴佩孚将军以败血症于前夕逝世于北平，此一代人杰，乃于今日保持完节溘然长逝于异族大敌统治下之故都，全国同胞闻此噩耗，均不胜其感念悲悼之情矣！综计吴氏一生，实功多于过，而其气节之高，操守之坚，尤可谓中国旧军人之最后一个典型。吴氏治军严肃，持己俭约，尤崇慕关岳之为人。关寿亭深陷贼营，心不忘汉，此与吴氏之晚节极相符合；岳武穆抗敌复国，志决身歼，吴氏虽未尝得此机遇，然其拒敌不屈，亦可无愧矣。惟其志节坚贞，故能出污泥而不染，嬉笑怒骂于暴敌群奸之重围中，而始终不屈。呜呼！将军死矣，其正气高节则凛然长存于天壤之间，绌暴敌，愧群奸，永为中华民族之好男儿，将军有之矣！”
在北伐战争中曾视吴佩孚为最大敌人的蒋介石，闻吴去世，亲致唁电：“顷闻子玉先生因患牙疾，竟致不起，噩耗传来，殊深怆悼。溯自寇患凭陵，于兹八载。先生托志春秋，精忠许国，比岁以还，处境弥艰，劲节弥厉，虽暴敌肆其诱胁，群奸竭其簧鼓，迄后屹立如山，不移不屈，大义炳耀，海宇崇钦。先生之身虽逝，而其坚贞之气，实足以作励兆民，流芳万古。除请证府优颁饬终令典，以彰明德外，务希善体遗志，节哀顺变，藉襄大事。是所企盼。中正鱼。”随后国民证府与最高国防委员会决议：追赠吴佩孚为陆军一级上将。耐人寻味的是，汪精卫虽拉拢吴佩孚碰了钉子，心存怨恨，但还是代表伪南京证府发去了唁电：“微电惊悉，吴上将军和平救国夙愿未偿，遽尔长逝，哀悼良深，谨此致唁。”
