军机处的日常工作流程大致是这样的，早上5、6点左右，军机大臣去养心殿见皇帝，相当于开会，皇帝会对最新的公文进行批示，水旜自己的意见，然后和军机大臣商量一下，得出一个最好的结论，完毕，军机大臣急忙回到军机处，让同事（军纪章京）把皇帝对每一件公文的决定写下来，官方名词是拟旨，然后再让皇帝过目，没有问题的话，就直接发往全国各地了。一般都是八百里加急的，就这样，皇帝的想法据测会第一时间到达各个地方。
军机处除了高效、处理公文速度快之外，保密是另外一个重要的特点，除了办公人员，闲杂人员一律不得靠近，军机处由专门的御林军把手，即使是王公大臣，如果不是军机处的人，也是不能进入的，日常从军机处附近路过的人都需要小跑离开，服务人员则是15岁以下的小太监，不能要识字的，定期更换这些人。各地发往军机处的密折，军机大臣也不能看，必须只能皇帝一人阅览。
综上所述，军机处俨然就是皇帝的秘书处，由于包含了各个领域的决策，所以军机处相当于是中央军事委员会加上中央书记处（证治方面）加上国务院证策研究室或是国务院办公厅（经济方面）等等的混合体，那么军机大臣的职位大体上应该算是中央证治局常委或是委员等，应该算是很厉害很厉害的了。
