对岳飞正式追赠赐谥，是在淳熙五年（1179）岁末，即孝宗即位并为岳飞“昭雪”之后的第十七年。赐谥是朝廷事务的大事。一字之差，寓褒贬，示高低，代表朝廷对官员历史功过的正式评价。因此，必须由太常寺调查官员之功业，并据此提出赐谥之理由，三省审议后，最后由皇帝审查定夺。太常寺拟请“谥以忠愍”，被赵昚退回，“令别拟定”。复议的结果是：“兹按谥法，折冲御侮曰武，布德执义曰穆。”孝宗同意了这个意见，于是正式宣布岳飞谥号为“武穆”。（《金佗续编》卷十四）从“忠愍”降为“武穆”，是宋孝宗对岳飞评价的贬低，也使岳飞子孙心绪难平。
由于对岳飞冤案平反昭雪的不彻底，引起了人们的不满。对平反决定是非不明、证策保留的批评尤其明确，如“使飞果反，朝廷不当昭雪，为之昭雪，是非真反。苟非真反，则亚保之礼不当有废。国家纵不能归其赗赠，追加封爵，犹当返其田宅，畀之恩数，亲降黼座，临奠其丧，会其子孙，以礼归葬……今独不然，惟复其封而已。改葬之礼，非复典彝;官其诸孙，仅同卒伍。”（薛季宣《浪语集》）岳飞到底是真反还是未反？到底是逆臣还是忠臣？朝廷态度不明确，引起了人们的猜测、疑惑、不满。由此可见，这次平反昭雪工作，因当局态度暧昧，社会效果不彰，甚至产生了负效应。
随着赵构、秦桧的故去，与岳飞冤案有牵连的许多当事人也不在人世，这为岳飞冤案的昭雪减少了证治与社会阻力。与此同时，随着时间的推移，当时历史的见证者也相继离世。这些“活档案”的消失，从客观上削弱了历史的旁证。这也正是历史上一些统治者为了掩盖自己犯下的罪行，往往采取拖延、淡化的方式，试图用时间消灭人们记忆的原因之一。还有一个情况需要提及，除掉岳飞之后，秦桧独揽大权，始终以宰相兼领“监修国史”、“专元宰之位而董笔削之柄”，并指派其养子秦熺主编南宋国史编年体的日历和实录，极尽篡改史实之能事。秦桧还在史馆中大力安插亲信，秉记事之职者“非其子弟即其當羽”，“凡论人章疏，皆桧自操以授言者，识之者曰:‘此老秦笔也’。”（《宋史》）《建炎以来系年要录》和《三朝北盟会编》是研究南宋历史的两部重要典籍，但是两书之中关于岳飞的许多记述，却是残缺不全、错漏百出，这也正是秦桧专权期间大兴文字狱，大肆篡改官史、严禁私史的恶果。这为岳飞之孙岳珂搜集、整理为祖父昭雪的历史资料，形成了巨大障碍。
所有的努力都没有效果，孝宗淳熙十六年（1189）退位，宋光宗赵惇继位之后，绍熙三年（1192），岳飞之子岳霖去世。老人临终之前，拉着儿子岳珂的手说:“先公之忠未显，冤未白，事实之在人耳目者，日就堙没。余幼罹大祸，漂泊及仕而考于闻见，访于遗卒，掇拾参合，必求其当，故姑俟搜摭而未及上。苟能卒父志，死可以瞑目矣。”（《金佗稡编》卷九）岳珂谨遵父命，在其父岳霖前期努力的基础上，历经十年，于宋宁宗嘉泰三年（1203）搜集、编撰包括“高宗皇帝御笔手诏”和《吁天辨诬》在内的大量证据文献进献朝廷。此时，距岳飞被害已经62年。由于宋孝宗为岳飞平反的不彻底，加之秦桧对历史资料的篡改与歪曲，人们对岳飞冤狱仍然众说纷纭，莫衷一是。
“开禧北伐”前夕，也就是嘉泰四年（1204），宋宁宗赵扩采纳朝臣韩侂胄的建议，将岳珂为岳飞所作的辨白文书宣付史馆，追封岳飞为鄂王，赵扩指出：岳飞“虽怀（郭）子仪贯日之忠，曾无其福；卒堕（李）林甫偃月之计，孰拯其冤。”“可特追封鄂王”。强调“虽勋业不究于生前，而誉望益彰于身后”，“岂特慰九原之心，盖以作六军之气”，目的在于给活人一个说法。（《金佗续编》卷二七）昭雪岳飞与评价秦桧是一枚铜钱的两面。正因如此，开禧二年（1206），赵扩下令，追夺秦桧的“申王”爵位和“忠献”谥号，改谥“谬丑”，并指出其罪行：“一日纵敌，遂贻数世之忧；百年为墟，谁任诸人之责？”赵扩此举，是平反岳飞案件最彻底的一次。然而，历史的发展总是曲折的。开禧北伐失败后，韩侂胄被谋杀，主战派再次受到排挤，主和派又一次得势，在权奸史弥远的主导下，竟然恢复了秦桧的爵谥。
