而后来发生的几件事，让老蒋忍无可忍，将徐恩曾彻底拿下。
1943年，被军统查处的“中统局偷运假钞案”让徐恩曾在老蒋心中的形象一落千丈。中统在湖北发现此前中国银行丢弃的运钞车后，徐恩曾居然没有命令将这些已被财务部注销的巨额钞票就地销毁，反而让手下运回重庆。多亏被军统检查哨拦截，否则流入市场，不仅会让本以困顿的经济雪上加霜，更可能引起其它恶劣的连锁反应。当时正处于抗战相持阶段，战事吃紧、经济困难，身为军证要员的徐恩曾不想着身先士卒、抗战杀敌，反而做出这种意图中饱私囊、危害国家利益的事，难怪老蒋要大发雷霆。
1944年4月，老蒋亲自主持的军、警、宪、特的甲种会议。徐恩曾此前专心钻营官位，没有进行充分准备，会上发言时支支吾吾、顾左右而言他，与戴笠条理清晰的侃侃而谈形成鲜明对比，因此受到老蒋严厉斥责。不久后，又被戴笠收集到他利用职权，走私国家战略物资，中饱私囊，并纵使爪牙伤人致死的铁证。这些材料让老蒋忍无可忍，立即亲自提笔写出手令“免去徐恩曾本兼各职，永不录用。”几天后再补一道口谕：“徐恩曾今后不许再作证治活动。”
在和戴笠的斗法中，徐恩曾以咎由自取，彻底离开官场而完败。但他后来利用任职期间所敛钱财转做生意，顺风顺水，反倒应了“官场失意，商场得意”的古话。
