为此，美军在2002年4月对B-2的雷达吸收材料涂层进行了改进，新型涂层已经完成了80%的研制工作。新的磁性雷达吸收材料可以使涂层的厚度和位置控制在较为易于维护的范围内。这样以前由人工完成的涂层工作将可以由工业机器人来完成，降低误差和人力成本。计划使用四个机器人来完成B-2轰炸机的涂层工作，可以提高8%的任务完成率，并降低人力维护工作量，平均每飞行小时降低50%，大量节省成本。机器人系统将安装在加州帕姆代尔空军47号厂房的航空站维护设施中，并由专家来确认B-2轰炸机的涂层性能，整个工作将从今年秋天开始。预计将每架飞机所配属的人员由12人减为4～6人。
2002年8月美国空军发现在部分参加阿富汉“持久自由”行动的B-2上，其隐身涂层上出现了大量头发丝粗细的裂纹。这些裂纹有1到2英寸长，看起来像一排排的纽扣锁眼。裂纹发生在飞机尾部的蒙皮上，这一部位受到高温高压的侵蚀。隐身涂层出现裂纹不会危及飞行安全，但裂纹的发展将导致涂层脱落，从而影响B-2的隐身性能，这是真正令人头疼的问题。美空军急于寻找这一问题的解决办法，包括加固涂层结构，附加新的表面涂层，以及寻求防止裂纹发展的措施等等。直到2004年4月，诺斯罗普·格鲁曼公司宣布首次将特殊配方的涂层应用于现役B-2，基本解决了上述问题。这种涂层材料被称为替代高频材料，可以像油漆一样喷涂，而不像以往那样要使用工序繁复的吸波带及吸波腻子。其涂覆工作可以在普通的维修条件下实施，不需要特别的外部环境，即不需要高度复杂的封闭机库即可完成，而飞机的隐身性能不发生改变。这样进行打开维修口盖等工作时。以往采用吸波带覆盖这些口盖的缝隙时，效率颇低，耗时费工，新开发的这种喷涂型吸波材料有效地克服了上述缺点，明显减少了维修时间。B-2翼展为52.4米，需要约914.4米长的吸波带。取消这些吸波带可将维修时间从数天减至数小时，进而节约停场维修时间。
B-2的教练型将率先使用这种新的涂层材料。机队中其他飞机更换新涂层的工作将随着其常规维修程序逐渐展开。每年约开展3架B-2的常规维修工作，每架耗时10个月，将整个机队全部更换上新的涂层前后跨度约为7年。采用新的涂层可使维修相对简单易行。涂覆工作在加州帕姆代尔的诺·格公司安蒂洛普谷制造中心进行，采用机器人喷涂系统。考虑到B-2的大尺寸因素，这种机器人喷涂系统是目前世界上最大的机器人喷涂系统之一。采用机器人喷涂系统不仅可降低工时、节省人力，更主要的是可提高精度。该系统所包含的4个机器人可提供结构所需的每英寸厚度上上千层的涂层。每台*独立控制的机器人被安排用来喷涂B-2的某一部分。尽管该机器人喷涂系统是特为B-2开发的，但仍有可能转作它用。开发新型涂层及机器人喷涂系统仅仅是诺·格公司取得成果的一个例子，依靠与空军的合作，该公司正在致力于不断改进现有的飞机隐身技术，其他方面的改进工作包括更好的通讯及数据交换设备、新型的电扫描天线阵，以及能挂80枚炸弹的智能挂弹架。这种挂弹架能使B-2隐身轰炸机的挂弹能力较目前提高5倍，炸弹的制导通过全球定为系统实现。B-2新的挂弹架已于去年底试验成功，并计划于今年投入使用。
2007年6月，诺斯罗普·格鲁门公司已与波音公司签署一份历时62个月、价值1.71亿美元的系统开发和验证(SDD)合同。该合同是美国空军B-2隐身轰炸机新型极高频(EHF)卫星通信系统的第一个增量升级项目。EHF卫星通信系统一共有3个增量升级项目。这3个项目完成以后，EHF卫星通信系统将使得B-2轰炸机能以目前超高频(UHF)卫星通信系统100倍的速度发送和接收战场信息。在增量I项目中，诺斯罗普·格鲁门公司将以洛克希德·马丁公司开发的单片综合处理单元替换B-2轰炸机上目前使用的飞行管理计算机。此外，合同内容还涉及到光纤网络的开发，以支持数据在飞机之间和飞机内部的高速传输。霍尼韦尔公司也将提供一个磁盘驱动单元，以便于EHF数据在B-2上的存取。在增量II项目中，EHF卫星通信系统的能力将被完全综合到B-2飞机的控制和显示单元中，B-2飞机将具有以EHF频率发送和接收信息的能力。据诺斯罗普·格鲁门公司EHF卫星通信系统项目经理MarkRhoades称，EHF系统也将使得B-2轰炸机能够更加轻松地与美国国防部的全球信息栅格网络建立连接.
