2002年8月美国空军决定仅购5个B-2“前线部署掩体”(下图)，以确保在前线基地保护B-2脆弱的隐身涂料。这种掩体采用骨架式充气蒙皮结构，内部宽大，长76.2米、宽38.1米、高16.76米，可以承受每小时177千米的大风，及沉重的积雪压力。内部装备有空调、增湿器及其他设备，环境可控，从而可保持在B-2敏感的涂料可承受的范围内。美国空军要求这种掩体便于运输，可以快速安装和开启。前线部署掩体还将作为B-2的半永久机库使用
2003年6月，美国空军计划按照B-2超地平通信计划，在B-2轰炸机上增装Link-16数据链。应用Link-16数据链数据，将令B-2驾驶员实时获知飞机所处位置。同时超地平通信包，还具有和Harris生产的通信卫星PRC－117无线电台的接口能力，支持FalconView系统软件的接口能力，接收战术数据链J(6016B)和3011App.A协议能力和接收GPS的位置与时间信息等能力。
2003年9月10日，美国空军的一架在尤他洲试验靶场，一次投放了80颗227千克的JDAM炸弹，轰炸了长度不到1609米的模拟小型机场。每颗JDAM炸弹都经过了单独编程，以理想的角度和航向，各自攻击了的预定目标。许多炸弹直接命中目标，平均圆概率偏差小于3.05米，从而完成了为期6个月的投弹试验任务。这次成功的试验确定了未来几年B-2A轰炸机实施更新的首批项目，其中包括加装2270千克的钻地炸弹、雷达现代化和更新隐身材料。B-2A轰炸机一次出航可携带这种小型灵巧炸弹（即“小直径弹药”，SDB）的数目比原来多5倍，更适用于对敏感地区的大量目标实施攻击。这次试验虽然验证了B-2A轰炸机的这种载弹攻击能力，但还要几个月才能将首批227千克的JDAM炸弹交付使用。按照美国空军修改后的合同，预计在明年春交付的第7批产品中，购买该弹型的数量超过6900颗。
图为带有几枚SDB模型的组合挂架，悬挂在B-2弹舱内的旋转弹架上。
2004年12月，在俄克拉荷马州廷克空军基地，E-3机载预警和控制系统飞机（AWACS）机队与该基地的全球力量轰炸机联合试飞工作队联合对B-2A隐身轰炸机实施Link-16数据链综合验证试验。Link-16数据链以高速率安全地传输数据信息并具有抗堵塞能力，可使飞机，即参与者与正在视线内飞行的其他飞机传输和共享数据。Link-16可在指挥控制系统与飞机、导弹等武器系统平台之间以及在各作战单元之间传输各种战术数据信息，有效连接信息源、指挥控制中心与武器系统平台，实现战场资源共享。Link-16数据链最大的优点是，如果链路中的一个参与者被摧毁或失效，整个数据传输系统不会因此崩溃。B-2A是首个安装Link-16数据链的轰炸机型，目前，试验人员正在分析试验结果，预计要花费几周的时间。2005年3月，B-2轰炸机正在按照全面现代化计划进行一系列升级，但有关项目官员称，在为该机装备极高频卫星通信系统前将需要寻求一种过渡解决方案。诺斯罗普·格鲁曼公司B-2项目负责人杜克·杜费斯尼称，升级计划存在争议并不会耽搁B-2的改进，但某些预定提供的设备，例如卫星及其终端已被推迟。具体就是指超视距(通信)终端系列(FAB-T)的延期。极高频卫星通信系统可为B-2提供高数据率的上传和下载能力，并确保在执行核打击任务时的通信。FAB-T则是由波音公司领导的项目，是为B-2提供极高频语音/数据卫星通信功能的终端。B-2的其他升级内容正在进行中，包括：·装备超高频卫星通信设备，大约在下个月完成；·改进有源相控阵雷达；·装备Link16终端，预定在明年开始作战评估；·装备灵巧炸弹架(SBR)，预定下个月完成；·采用新的隐身涂层。诺·格公司还可能为B-2增添许多附加能力，如装备全球空中交通管理系统以及完成与小口径炸弹(SDB)的最终综合。
