按当时361潜艇的训练计划推算：它早已不在内长山海域而游弋在大洋深处了。所以在当时基地指挥人员的潜意识里，那一片海域根本就没有自己的潜艇。因此造成了潜艇已经失事10天而基地指挥人员全无知晓的悲剧。
最后的结论
2003年6月13日，新华社发布消息：
海军361潜艇失事原因已查明，是由于指挥操纵不当造成的。
中央军委作出决定，对361潜艇特大事故负有责任的有关人员进行严肃处理。给予济南军区副司令员兼海军北海舰队司令员丁一平、海军北海舰队证治委员陈先锋行证降职处分，同时分别给予其他8名有关人员以行证撤职、降职等纪律处分。
同一天还发布了海军司令员石云生、证委杨怀庆被免职的消息。
这是建国以来因一次事故处罚军内高级将领人数最多的一次，包括两名上将、两名中将。
后记：361潜艇重返深海大洋
361潜艇事故并未阻止中国海军的发展。
2003年4月29日，就在事故发生后的13天，数十名官兵奉命重新组建361潜艇。
2004年8月，361潜艇奉命进厂中修改装。361潜艇是同类型潜艇中第一艘进行现代化改装的潜艇。
2005年2月22日，改装后的361潜艇进行新组建后的第一次海上试验。
