1884年12月初，冯子材率萃军从钦州誓师出发。行前，他祭别祖先，嘱咐家人说："万一军有不利，百粤非复我有，亟率我眷属，奉香火驰归江南祖籍，永为中国民，免奴外族也。"并带了相荣、相华两个儿子在身边，以备一旦战死沙场，为其料理后事。显示出他要和侵略者战到底的英雄气概和坚强决心。这时，接替徐延旭的东线最高军事指挥官是淮系将领潘鼎新，他忠实地执行李鸿章投降妥协的路线，造成了东线军事上的被动局面。1885年初，法国纠集了两个旅团共万余人的兵力，发动了谅山战役。法国利用清军分兵把口、各自为战的弱点，集中优势兵力，各个击破，先取北越重镇--谅山东省，再攻同登，然后挥军北进。2月23日下午，祖国南大门--镇南关（今友谊关）陷落。侵略者纵火焚毁了关上的堡垒兵营，炸掉了镇南关的城墙，并在镇南关的残瓦废圩上立下了一根木柱，上面写着"广西的门户巳不再存在了"的挑衅性标语，侵略气焰十分嚣张。法国侵略军攻占镇南关，清军往关内大溃退。潘鼎新一口气逃到距镇南关百里以外的海村，"各军多溃逃，无复队伍，淮军大斥龙州，商民迁徙一空，营官乘乱攫饷还省。游勇水陆肆斥，难民、逃军蔽江而下，关内大震。"敌人的侦察骑兵巳深入到国境纵深十余里的幕府村，没有遇到任何抵抗。我边民田园庐舍被毁，百姓任受枪击钉戮。前线已经没有一支完整的军队，祖国边疆处于万分危急之中。就在这个时候，冯子材率军赶到了前线，并被任命为广西关外军务帮办。由于潘鼎新放弃了指挥责任，广西提督苏元春的军队新败未集，冯了毅然以大局为巳任，积极备战，在当地人民群众的大力支持下，采取了一系列果断措施，重建祖国的门户。首先严格纪律，禁止军队扰害人民，冯子材吸取了以前徐延旭和潘鼎新惨败的孝训,认识到人心踊跃，可资借助。他的军队每到一处都大张旗鼓地宣传军纪，规定："各路大军，露营住宿，禁入民村，禁住民房。全体官兵，严禁夜出，白天入街，须持手令。如违令者，军法不郝。一律严格，折首示众。"
由于冯军严格的约束队伍，影响及于各军，军民关系得到改善，人民群众就从各方面支援军队。其次是收集溃散兵勇，恢复军队的战斗能力。由于清军的几次溃败，整个战线瓦解。军队丧失战斗能力，边关一带溃勇充斥，为害地方，造成严重的社会问题。冯子材抵边后，"沿途拦回溃勇不下数千，均饰速回原营驻扎，毋庸畏惧，我大队随后即到，溃勇闻之心意略定，始行为伍。"不到一个月，各支军队都补充足额，重振旗鼓，恢复了战斗能力。接着，冯子材又在广西按察使李秉衡、粤军统领王孝祺的大力支持下，主动团结各军将领，大家表示，要同仇敌忾，一致对外。2月下旬，冯子材亲自踏勘前线阵地，又效法刘备三顾茅庐，请出了熟悉边情的壮族家民蒙大。在蒙大的指引下，冯子材选择了镇南关通往凭祥的险要有利地形--隘口，横跨东西两岭，抢筑了一条长3里多，高7尺，底厚1丈的长墙，墙前挖了一条4尺宽深壕，墙后1里的地方修造一条平行的土墙，又在两边高山修建了堡垒群。与此同时，冯子材又进行周密的军事部署：他统率的萃军和王孝祺粤军扼守长墙和东西两面高山为中路，苏元春桂军在隘口后的幕府村为后续队伍，蒋宗汉和方友升滇军驻在凭祥，是为第三梯队；王德榜汀军驻在镇南关东三十里的油隘为东路；魏纲鄂军驻镇南关西一百里的地方；马盛治军驻守高平一带为西路。这样，形成一个多梯队大纵深的防御体系，使中国军队处于退可守，进可攻的主动地位。当时，中国军队的武器装备十分落后，只有少数新式大炮和步枪，大部分是粉枪、抬枪，还有不少士兵是拿大刀、长矛的。在敌我武器对比十分悬殊的情况下，怎样战胜敌人呢？前线军民都议论着这个部题，大家出谋献策，认为应以我之长攻敌之短，最后冯子材博采众议，确定了近战取胜的作战方针。就是全军埋伏在长墙和地堡内，挡过了敌人的炮击后，待敌军逼近，突然杀出，把敌人消灭在阵地前面。于是他便分别通知龙州等地方，大批制造大刀、长矛。全军将士则自制"先锋煲"（一种土制手榴弹）作好肉捕战的充分准备。法军探知冯子材巳有周密部署，不敢贸然来犯，便施展从侧翼偷袭的诡计。3月初，越南人民送来了法国计划俞袭南关西面扣波、艽葑的情报后，冯子材毅然采取先发制人的策略。他立即商调苏元春率军截敌，又派出萃军的一支队伍进击法军据点扣波。3月13日，企图从侧翼来犯之敌军知清军早巳有备，未经接仗，回头便跑，留驻在扣波的侵略军亦被萃军击败，仓惶向同登逃遁。3月21日，冯子材又指挥萃军和王孝祺部，袭击了法军前哨据点同登，一度攻入了城中街心并摧毁了山头堡垒两座，大大地打击了侵略者的狂妄气焰，增强了中越军民的抗敌信心。
