1887年，海南岛黎族人民发动了大规模的反清起义。冯子材奉命前往镇压，他执行剿抚兼施的策略，镇压了起义队伍。这当中，他颁布了"以开路为首，伐木采矿次之"的《抚黎章程二十条。。又仿效明朝海瑞、俞大奠的方法，以兵为工，并由士兵组织当地群众，修筑了沟通整个五指山区的道路30多条，共3千余里；还在各地架桥凿井1百多处；设立书塾，以四书教授黎民子弟，"制衣裳作样，使变易黎人裸处"；首次绘制海南岛的山形道里图，交清廷备案。实施这些措施后在客观上又有利于当地的经济发展，有利于巩固国防。甲午中日战争爆发，被加封尚书衔的冯子材在家乡闻讯，百般焦虑，复电清廷，请求北上，尽忠报国并立传集旧部，准备将军更是"抚膺欲绝，曰：’今吾之痛心，视乙酉三月初一（指中法战争时，清廷的停战撤军令到达前线的时间）尤十倍。’"忠贞爱国精神溢于言表。1897年，冯子材赴任云南提督。面对当时军队府败，边防废驰的现实，他坚定地认为"亡羊补牢，今未晚也"一方派员赴片马地区，详细考察该地沿革，绘制精密的军用地图，和英国侵略者的觊觎活动展开毫不妥协的斗争。另一方面，积极整顿边防营垒，反复巡视腾越等重要地段。每天早晨他总是身先士卒，坚持亲自带队操练，使"滇兵废驰之风顿变，壁垒一新。"1903年（清光绪廿九年），广西人民反清起义风起云涌，经两广总督岑春煊奏准，命冯子材会办广西军务。这时冯子材已经是耄耋老人了，但为报答清廷"三朝知遇之恩"，还扶病强起，率军兼程赴桂。9月18日（农历七月二十七日），病发死于南宁军次。死前留有遗摺和遗嘱。遗摺希望清廷皇帝"勿忘前日之险危，恢复中兴之大业，勤证以吏治为根本，变法视民意为从违"表现他对清王朝的忠贞矢志；遗嘱训子曰："读书不求官，服官不要钱，违者不孝。"又反映他对清廷腐败统治严重不满的情绪。冯子材逝世后，清廷追谥号勇毅，宣会国史馆立传并诏予建祠，在钦州城内建有"冯勇毅公专祠"，其坟墓则立于城东泥桥村畔，现列为广西壮族自治区级文物保护单位。相传他的墓地很有风水，有人说的黑虎下山，有人说是神龟地，有人说是罗伞地，传说当年冯家的某人轻慢了风水先生，风水先生留下这样一句话就走了"一顶罗伞飘又飘，手捧金珠寻泥桥，谁家葬满福禄地，儿孙世代皆入朝"由这首诗的缘故凡是钦州有叫泥桥的地方都认为有冯子材的墓，在文革时期，村里有个农妇一天早上提了一桶猪料去喂食，把那猪料倒进猪槽后就去忙别的事了，可不会儿，那猪又跟着回到她的身边用嘴拱着料桶，一看，猪料没有了，她就又给猪槽倒一槽，稍停，那猪又跟着回来了，她把猪赶了回去嘴里叽叽咕咕骂猪，到槽边一看，猪料又没有了，而猪的肚子还是扁的，猪连嘴都没湿到，那猪食到哪去了呢？细心一看，雨后的地面上有许多马蹄印，哪里跑来的马来偷食呢？这农妇一叫，家有和村里的人都被惊动了，就顺着这马蹄印找去，嘿，越过一片稻田到这墓地，一看，有匹石马脚上还有湿泥，嘴上还沾着米糠，这也难怪，文革期间大家都饿慌了，这马也不能例外，当然这只是个传说。但在文革期间冯子材的墓也遭到了破坏，有次某位领导带一帮人来冯子材墓要破四旧，就用绳子套在那石狮石马关上下命令去拉倒在地要砸碎，听说那位下令的人年青青的就不久就暴病*了，有人说是神灵让他离开这世上，最让人心痛的是冯子材的墓已多次被人偷盗过了。
在1962年诗人田汉携带夫人安娥一行五人由合浦来访钦州时参观了冯子材墓，留下一首诗"泥桥岭畔古城东，且驻征车吊萃翁，（这萃翁是冯子材的号）松啸如闻嘶战马，花香端合献英雄，扶妖江左成遗憾，抗法关南有大功，近丰年来多痛史，论人不应失刘冯（这刘指的是刘永福冯指的是冯子材）。这首诗充分肯定了刘冯在中国近代史上的地位，也是刘冯关系中的精华，纵观刘冯两人生平，有着同乡、敌人、同盟、战友、亲家等几层关系。上面诗中所提到的的刘永福就是大名鼎鼎的抗法黑旗军领导人，刘永福又名刘义，出身贫寒8岁时随家人到十万大山脚下居住，租人田地，生活刚好转时所投靠的族兄又因儿子犯科补迫家破人亡，刘家也随着一贫如洗，当刘永福十七岁时，父母亲去逝，债主逼账不断，刘永福无家无归只好以上山打柴下水摸鱼为生，1852年，会當首领吴凌云在新罗州东平圩（今扶绥县东罗乡）领导农民起义反清，1862年建立了农民证权"延陵国"，吴凌云牺牲后，其子吴亚忠接任，并把队伍转移到归顺州（今清西县）去。刘永福是在活不下去情况下于1857年在迁隆（今上思县在妙镇）加入郑三当旗头的农民军的。冯子材是广西提督，奉命剿灭桂西南以吴亚忠为首的家民军。刘永则是吴亚忠的得力部将。此时刘冯是敌人的关系。正史上没有见过刘冯战场上刀枪相拼的记载。据《中法战争调查实录.史事记要表》说刘永福于1867年2月率训脱离吴亚忠出边入越，而冯子材1867年10月才抵达顺州。两人从不谋面，那来厮杀？但是1995年出版的由冯子材曾孙、刘永福外曾孙冯绣娟撰写的《冯子材的故事》一书，首次出现了刘冯各为其主一度交战的记载，说冯子材一方面调兵遗将，一方面派参向刘玉成、黄兴仁前往归顺州劝刘永福归顺。他认为刘永福穷苦出身与自己相似，容易沟通，又是同乡好讲话。但是刘不肯倒戈，惟有开仗。交战中冯见刘武艺超群更生怜爱之心，让刘玉成到山上喊话，以功名顶戴荣华富贵再次劝刘永福投降。刘永福把冯痛骂一顿，并说"要老子投降，除非太阳从西边出来"，还向刘玉成右臂射了一箭。冯仍不罢休，竟化装成清军送信士兵进入刘营，再劝刘永福识时务当俊杰。刘借念洪秀全的《奉天讨胡檄》痛斥清廷腐败。冯说不少官员腐败是事实，但也有谦正忧民之士兵：况且太平天国那么强大也未能推翻朝廷，反因内讧而灭亡，希望刘三思。刘永福心有所动，然不肯卖主求荣，给支令箭让冯子材迅速离去。刘永福自己不久也下越南去了。刘永福在越南北部协助冯子材剿灭黄崇英的黄旗军、平定李扬才叛乱，使刘冯从敌人关系变成了盟友关系。吴亚忠、黄崇英、刘永福原是农民证权"延陵国"的三首领。
