回顾历史，正是这些在院系调整中被撤销了的教会大学，把现代教育模式和女子教育带入了中国；也正是这些教会大学，对近代中国科技教育的发展起到了非常积极的作用。如何评价教会大学，一直是当下教会大学研究者的困境。在当时的教会大学中，没有哪所学校能够像燕京大学这样如此深地介入中国的社会和证治甚至外交的各个角落。另外，燕京大学在其发展的历程中，其与中国的合拍及不合拍，也让评价这所曾驰名中外的大学的掌舵人显得困难重重。与西方世界的关系而言，自首批传教士来华，上个世纪上半叶的中国，与外界处于一系列紧张的冲突之中，其一是种族和文化观念的冲突，其二又有民族冲突和国际冲突，在中共建证之后，意识形态方面的冲突又成为首要的问题。
燕京大学的发展过程，恰巧和中国与外界的一系列冲突合拍，这使燕京大学自诞生起就处于一系列的冲突当中。传教士一开始在中国举步维艰，义和团运动、反基督教运动、收回教育权运动等等，正是这一系列冲突的外在表现。而化解这些冲突，正是与燕京大学“合二为一、甚至互为代名词”的司徒雷登无法避免的历史任务。
悲剧的替罪羊
有必要回顾一下司徒雷登的思想渊源，才可以了解他何以能够将这些冲突一一化解，并且使之成为燕京大学发展的有利条件。司徒雷登出身于教育世家，在他之前，他的家族就已经先后独自或参与创办过五所学校，出了五位大学校长、学院院长和女子学校校长，这可以说是司徒雷登选择从事教育的渊源所在，同时也让他较早地熟谙教育的基本规律。
同时，司徒雷登的家族具有浓厚的宗教传统，从司徒雷登的曾祖父算起，司徒家族五代人中，共有十三位长老会的传教士，其中不乏南长老会的重要成员，这样的传教士家庭，即使在传教活动一度十分盛行的美国也不多见。不过，出生于中国并在这里长大的司徒雷登在懂事之后，并不喜欢传教士的生活。同许多传教士家庭一样，司徒雷登接受的是基督教教育，祈祷是家庭中每日必不可少的功课。但是当司徒雷登跟随父亲上街布道时，他看到围观的老百姓只是对他们的衣着和外表感兴趣，这让他对父亲传教效果的评价大打折扣。十一岁之后，司徒雷登和弟弟被父母送回美国接受教育，而父母则回到中国继续传教。由于是传教士的儿子，在其他小伙伴无拘无束享受周日生活乐趣的时候，司徒雷登和弟弟却不得不步行几里路到城市另一头的教堂去做礼拜。尤其难以容忍的是，他和弟弟被告知禁止跳舞和去戏院看戏，这一切让司徒雷登对传教士生活感到厌倦和鄙视。不过，在经历了犹疑与彷徨之后，成年的司徒雷登最终还是踏上了传教士之路。
在司徒雷登来华传教的那段时期，美国教会中“现代主义”传教方式逐渐占据了上风，日益重视社会福音和对知识分子的传教工作，注重面向整个中国社会。同时，司徒雷登从父亲一生辛苦传教却无所作为的结局中看到了狭隘的老一辈传教士的不足，他认识到“基督教不是永不进步的，每一时代应当有一个时代的解释”，之后倾向于“现代主义”的他形成了笃信基督教义的世界观和崇尚自由、民主的价值观。
